Sjelle kirke ligger på en banke i landsbyen, nord for Lyngbygård å. Kirkens skib og kor blev oprindelig bygget i romansk tid af granitkvadre over en skråkantsokkel. I senmiddelalderen tilføjedes et tårn og et våbenhus, men kirken fik en omfattende ombygning efter 1595, efter at sognemændene havde indberettet til kongen, at kirken ”var aldeles faldet ned, så det vil være nødvendigt at opføre den fra grunden af.” Derefter blev skib og kor genopført som et langhus med skib og kor i samme bredde. Også tårnet – specielt den øverste del - ændredes i 1595. 

En mandshøj runesten fra omkring år 1000 står ved væggen i våbenhuset, og den er en af de tidligst omtale runesten i Danmark. I 1591 skrev historikeren Anders Sørensen Vedel om stenen og beskrev den som 'en temmelig lang Kampesteen, liggendis strax inden Kircke Dørren... hvilcken tilforn haffde liggit op imod Choret. Bogstaffeuene vaare meste parten wkiendelige oc en delle henslidte'. I oversættelsen lyder inskriptionen: Frøsten satte denne sten efter sin lagsmand Gird, Sigvaldes broder ... Tvegges(?) ... på ... ed (landtunge) (el. Hede)

Også den svære, senmiddelalderlige plankedør ind til kirken er bemærkelsesværdig. De fire planker holdes sammen af ni horisontale jernbånd.

Døbefonten er romansk. Den næsten halvkugleformede og lidt skæve kumme har en lille rundstav langs mundingsranden. Foden, der minder om nordportalens baser, har form som et omvendt terningskapitæl med ryggede hjørner og lave, fladbuede felter markeret ved rundstave, 1831 fik fonten en overmaling, der atter blev fjernet 1886.

Altertavlen er fra 1595, da koret var ombygget, ifølge indskrift skænket af ejeren til Sjelle Skovgård (nu Wedelslund), Hans Rostrup og hustru; storfeltets maleri er udført 1940 af tavlens restaurator, Hans Rasmussen, Fåborg.

Prædikestolen med malet årstal 1598, udført af samme værksted som altertavlen, fra 1595, og som denne skænket af ejeren af Sjelle Skovgård; i storfelterne malerier fra 1701. Stolen har fem fag, hvis storfelter er høje, smalle og glatte, blot kantet af (nye) tandsnit.

Epitafen på kirkens nordvæg (mindetavle anbragt på kirkevæggen) er fra 1655 med et portrætmaleri af provst Niels Thomsen Randers, sognepræst »til Sielle, Skiørring og Laasby sogner« i 35 år,  herredsprovst over Framløff herred i 16 år, og hustru An(n)e Lavritz Datter, født i Bygum i Rindtz herred.

Tavlens lodrette led er dækket af storfigurer, Moses med stav og lovens tavler og Johannes Døberen med korsstav og bog med lille lam. Oven på gesimsen står figurer af Adam og Eva. På gavlstykkerne ligger putti med snoede basuner, mens to putti på storvingerne støtter sig til nedadvendte fakler; to englebørn bærende søjler er ophængt under postamentfremspringene, og et stort barne-englehoved kroner skriftfeltet; nederst, på konsol, ses dødssymbolet : et kranium.
 

Som nærmeste nabo til kirken ligger den tidligere præstegård i Sjelle.